Manastirea Varlaam, in forma cunoscuta astazi, a fost ctitorita dupa aproape doua sute de ani, pe la 1517-1518, cand s-au stabilit aici cuviosii parinti Teofan (+1544) si Nectarie (+1550). Originari din nobila familie a Apsarazilor de la Ioannina, fratii Nectarie si Teofan, recladesc „Biserica Sfintii Trei Ierarhi” pe ruinele vechilor ziduri si, mai tarziu, construiesc „Biserica Tuturor Sfintilor” si „Biserica Sfantului Ioan Botezatorul”.